SD Negeri Ngoto didirikan tahun 1954. SD Negeri Ngoto merupakan sekolah dasar negeri yang berada di Dusun Semail, Kalurahan Bangunharjo, Kapanewon Sewon, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Sekolah ini berada di bawah naungan Pemerintah Daerah melalui Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah dengan status akreditasi A, yang menunjukkan mutu penyelenggaraan pendidikan yang baik. 

Sekolah memiliki lingkungan yang asri dan cukup luas dengan luas lahan sekitar 3.780 m², sehingga mendukung kegiatan pembelajaran baik di dalam maupun di luar kelas. Selain pembelajaran akademik, SD Negeri Ngoto juga aktif mengembangkan karakter, budaya sekolah, kegiatan keagamaan, olahraga, seni, dan berbagai kegiatan ekstrakurikuler. 

SD Negeri Ngoto aktif menerapkan pembelajaran kontekstual yang memanfaatkan lingkungan sekitar sebagai sumber belajar. Kegiatan seperti pembelajaran di luar kelas, pemanfaatan apotek hidup, hingga kunjungan edukatif ke Balai Kalurahan Bangunharjo menjadi bagian dari upaya sekolah menghadirkan pengalaman belajar yang bermakna bagi peserta didik.